[email protected]: un progetto di calcolo distribuito sulle proteine per Mac OS X

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Dall’Universita’ di Stanford e’ partito da qualche mese un progetto analogo al noto [email protected] ma con intenti nel campo della biologia: ora sarà  possibile partecipare anche con un Mac.

L’obiettivo del progetto e’ quello di conoscere al meglio il processo di assemblaggio o Folding (letteralmente “ripiegatura”) delle proteine e viene realizzato utilizzando i periodi di “riposo” del vostro Mac per simulare il processo con cui le proteine prendono la forma che troviamo in natura.
Il progetto e’ legato a doppio filo a quello denominato [email protected] (per cui si sta preparando un analogo client per Mac OS X e che si occupa di studiare le sequenze del DNA).

Malattia di Alzheimer, fibrosi cistica, malattia della mucca pazza, la forma ereditaria dell’enfisema: le scoperte recenti mostrano che questo può essere il risultato di un errato “folding” delle proteine.
Sappiamo che le proteine sono componenti fondamentali di tutte le cellule viventi: le nostre proprie, i batteri che ci infettano, le piante e gli animali che mangiamo. L’emoglobina che trasporta l’ossigeno ai nostri tessuti, l’insulina che segnala i nostri corpi per immagazzinare lo zucchero eccedente, gli anticorpi che combattono l’infezione, l’actina e la miosina che permette che i nostri muscoli si contraggano ed il collagene che compone i nostri tendini e legamenti (e perfino molto del nostro bones) — tutta sono proteine.

Per costruire le proteine, i ribosomi mettono insieme insieme gli amminoacidi in catene lunghe e lineari. Come nella costruzione di merletti, queste catene collegano le proteine a vicenda in una varietà  di direzioni (cioè, le piegano). Ma, come con un merletto, soltanto una di queste molte direzioni permette che la proteina funzioni correttamente.

L’importanza del folding della proteina è stata riconosciuta per molti anni. Quasi 50 anni fa, Linus Pauling ha scoperto due semplici disposizioni degli amminoacidi che sono trovati quasi in ogni proteina. E all’inizio degli anni 60, Christian Anfinsen ha scoperto che le proteine realmente si legano: se le proteine perdono la loro piegatura, si piegano nuovamente con una disposizione adeguata alla loro conformazione.
MA a volte una proteina si piegherà  in una figura errata.
Abbiamo saputo fin dall’antichità  (senza sapere il perche’) che la piegatura della proteina può non andare a buon termine. Quando bolliamo un uovo, le proteine nell’albume si “spiegano”. Ma quando l’uovo si raffredda, le proteine non ritornano alle loro figure originali: formano invece una massa solida, insolubile.
Proprio quello che si trova molte volte nel fondo delle provette dei biochimici ma anche nel cervello degli affetti dalla sindrome della Mucca Pazza: in realta’ queste aggregazioni errate hanno un’alta strutturazione ed e’ quella che cerca di indagare il progetto di Stanford con il progetto di calcolo distribuito cercando di simulare tutti i possibili modelli di piegatura anche con il vostro aiuto.

Per scaricare il client, conoscere di piu’ del progetto e parteciparvi
potete visitare questa pagina del sito di Stanford.

Abbiamo aperto anche una apposita sezione nel nostro Forum per discutere nella nostra lingua del progetto e creare un eventuale gruppo di utenti senza nessuna finalita’ di competizione ma solo per il contributo effettivo che puo’ dare allo sviluppo di un ricerca molto interessante.