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PhyloCoco: il freeware per gestire l'inferenza filogenetica

di Redazione | 17-6-2008

Il Mac è uno degli strumenti preferiti dai ricercatori di Biologia molecolare e Bioinformatica sia per le capacità di calcolo che per la facile portabilità di tanti strumenti di calcolo sulla piattaforma. Nasce a Bruxelles ma da un ricercatore italiano uno strumento interessante che rende più facile l'analisi di dataset molecolari nell'inferenza filogenetica.

Daniele Catanzaro è un dottorando della sezione Grafi e Ottimizzazione Matematica (G.O.M.) dell'Universita' Libera di Bruxelles (U.L.B.) e ci segnala la recente disponibilita' della versione 2.2 di PhyloCoco, un software per l'inferenza filogenetica. L'inferenza filogenetica molecolare e' il problema piu' antico della bioinformatica e attualmente uno dei piu importanti. Esso consiste nel generare un albero rappresentate le relazioni evolutive di un insieme di organismi a partire dalla conoscenza delle loro sequenze molecolari (tipicamente sequenze di DNA o proteiche). I campi di applicazione vanno dalla ricerca medica (immunologia, trapianti d'organo) alla epidemiologia, dalla farmacologia, alla dinamica delle popolazioni. PhyloCoco e' una piccolo front-end cocoa ad un insieme di complessi strumenti di ottimizzazione da linea di comando. Il suo scopo e' quello di automatizzare e rendere piu' intuitiva l'analisi di grandi dataset molecolari. Il software e' free e scaricabile a questo indirizzo. Per l'esecuzione è sufficiente un Mac con processore G4 o con Processore Intel Core Duo processor; Mac OS 10.4 o superiore, Java 1.4 o superiore. Si raccomanda un intel core 2 duo; Mac OS 10.5.3 o superiore, Java 1.5 o superiore.

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