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Blast per G4 di Apple e Genentech 5 volte piu’ veloce che su un Pentium

Due alti dirigenti di Genentech erano seduti vicino a noi al Keynote di Steve Jobs a San Francisco il 7 Gennaio e avreste dovuto essere lì per vedere la luce nei loro occhi all’annuncio del CEO di Apple che i primi 1.000 iMac G4 erano stati prenotati dalla ditta che vede il proprio presidente sedere nel consiglio di amministrazione di Cupertino.
Non era semplice soddisfazione per essersi equipaggiati con una macchina dal design e dall’ergonomia fuori dell’ordinario ma la consepavolezza di avere a disposizione uno strumento primario per la ricerca.

Grazie a William Van Etten, un consulente independente di bioinformatica che ha collaborato sia con Apple che con Genentech sul progetto, l’algoritmo originale BLAST e’ stato portato su Mac OS X la scorsa primavera e poi ulteriormente perfezionato durante l’estate.

Per fare un esempio: la ricerca di omologia tra un cromosoma 16 di topo e quello 21 umano utilizzando la dimensione standard NCBI di 11 nucleotidi richiede 45 minuti con la versione ottimizzata per G4 mentre con la versione non modificata avrebbe richiesto 4 ore.
Il porting originale di Blast puo’ girare su qualsiasi computer Apple mentre la versione A/G Blast puo’ funzionare solo con i processori G4.

I miglioramenti sono disponibili come patch per la versione NCBI standard già  pronta per Mac OS X e sono scaricabili direttamente da questa pagina: http://developer.apple.com/hardware/ve/acgresearch.html

Di oggi il comunicato ufficiale di Apple che riporta il test eseguito su un Mac G4 Biprocessore da 1+1 MHz: risulta essere 5 volte piu’ veloce nell’esecuzione dello stesso calcolo rispetto ad un Pentium IV da 2 GigaHertz

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