Daniele Catanzaro è un dottorando della sezione Grafi e Ottimizzazione Matematica (G.O.M.) dell’Universita’ Libera di Bruxelles (U.L.B.) e ci segnala la recente disponibilita’ della versione 2.2 di PhyloCoco, un software per l’inferenza filogenetica.
L’inferenza filogenetica molecolare e’ il problema piu’ antico della bioinformatica e attualmente uno dei piu importanti.
Esso consiste nel generare un albero rappresentate le relazioni evolutive di un insieme di organismi a partire dalla conoscenza delle loro sequenze molecolari (tipicamente sequenze di DNA o proteiche).
I campi di applicazione vanno dalla ricerca medica (immunologia, trapianti d’organo) alla epidemiologia, dalla farmacologia, alla dinamica delle popolazioni.
PhyloCoco e’ una piccolo front-end cocoa ad un insieme di complessi strumenti di ottimizzazione da linea di comando. Il suo scopo e’ quello di automatizzare e rendere piu’ intuitiva l’analisi di grandi dataset molecolari.
Il software e’ free e scaricabile a questo indirizzo.
Per l’esecuzione è sufficiente un Mac con processore G4 o con Processore Intel Core Duo processor; Mac OS 10.4 o superiore, Java 1.4 o superiore. Si raccomanda un intel core 2 duo; Mac OS 10.5.3 o superiore, Java 1.5 o superiore.
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