Le GPU NVIDIA Tesla hanno consentito al nuovo sistema Ion Proton di Life Technologies Corporation di accelerare di oltre 16 volte l’analisi primaria del sequenziamento del genoma, il calcolo che genera le coppie di basi del DNA. Questo riduce sensibilmente i costi per sequenziare l’intero genoma umano da circa 1 miliardo di dollari di dieci anni fa ai 1.000 dollari del prossimo futuro.
“L’accelerazione su GPU e altre caratteristiche avanzate di Ion Proton consentono a qualsiasi laboratorio nel mondo di poter sfruttare facilmente e velocemente il sequenziamento del genoma umano, senza costosi investimenti ” ha affermato Alan Williams, vice president of software and engineering presso la Ion Torrent unit della Life Technologies Corporation. “Democratizzando il sequenziamento del genoma, ci aspettiamo di assistere a un’ondata d’innovazioni senza precedenti nelle scienze biologiche e nella ricerca in ambito medico”.
La tecnologia dello Ion Proton System ha origine dal rapido aumento della produttività, dall’accuratezza e dalla “read-length” raggiunti con il Life Technologies Ion Personal Genome Machine (PGM™) Sequencer, che utilizza anch’esso le GPU per accelerare le analisi primarie. Grazie alla sua velocità, il sequenziatore in questione è stato il primo a decodificare il genoma del batterio E. coli in occasione dell’epidemia che ha colpito la Germania nel 2011.
Fissando nuovi standard a livello di prestazioni, velocità d’uso e sostenibilità, il sistema Ion Proton consente ai ricercatori di passare dal sequenziamento multiplo dei campioni al genome-scale sequencing su una singola piattaforma. A un cinquantesimo del costo di un sistema tradizionale, questa soluzione può consentire ai ricercatori di risparmiare centinaia di migliaia di dollari.
[A cura di Mauro Notarianni]
